Dopo qualche giorno dalla semina dovrebbe iniziare la germinazione. Naturalmente anche questo evento dipende da quali semi abbiamo piantato e dalla specie oggetto della nostra semina. Lattughe e insalate invernali germinano anche a temperature di 6-7 °C mentre le specie estive hanno bisogno di temperature ben più alte e superiori ai 15 °C. Quello che dovremmo riuscire a vedere è l’apertura del seme con la fuoriuscita di due foglioline che sembrano tali, ma che in realtà hanno ben poco in comune con le vere foglie. Sono i cotiledoni, due strutture (nelle dicotiledoni, la gran parte delle piante da orto) che contengono le riserve energetiche per lo sviluppo della piantina. In questa fase la pianta non deve essere per nessun motivo toccata. Si può però diradare il semenzaio, eliminando le piantine troppo addossate e permettendo così alle rimanenti di poter crescere forti e robuste. Il substrato va mantenuto umido.
Quando le piantine mostrano le prime due foglie vere (non i cotiledoni) si può eseguire il picchettamento. Attenzione, questo procedimento non deve essere effettuato con pomodori, melanzane e peperoni per i quali sarà necessario esclusivamente il trapianto in una fase successiva. Per le altre piante è possibile estrarre con un po’ di terra le radici, utilizzando un legnetto come quello dei gelati e con molta delicatezza inserire ogni pianticella in una sede di crescita esclusiva. Per esempio negli alveoli dei contenitori in plastica acquistabili nei negozi specializzati o nei contenitori delle uova in plastica bucati sul fondo (se amiamo il fai-da-te e il riuso). Per ogni alveolo una pianta! Questi nuovi contenitori ovviamente dovranno essere riempiti di un buon substrato, leggero e ricco di nutrienti come torba o terriccio mischiato a compost. Attenzione però, queste non saranno le sedi definitive delle piante ma solo quelle per la crescita dei germogli che saranno trapiantati, al momento opportuno, dove dovrà avvenire la maturazione definitiva.